一般而言，在林木林地登记前，争议双方均没有林木林地的有效权属凭证，此时产生的有关林木林地有所有权和使用权的争议，当然属于林木林地权属争议。但是，林木林地已经登记发证，林木林地的所有权和使用权已经依法予以确认，一方当事人仍以存在权属争议为由向林权争议处理机构提出的申请是否属于林木林地权属争议，则应当根据不同的情况进行区分。参照国土资源部办公厅发布的国土资厅函（2007）60号《关于土地登记发证后提出的争议能否按权属争议处理问题的复函》规定，已经颁发权属证书且该凭证对林木林地权属、四至范围界定清楚明确的，不属于林木林地权属争议，无需进行林木林地权属争议处理。但是以下两种情况则可以认定为存在林木林地权属争议，一是仅有一方的权属凭证包含有争议地，但该凭证对争议地记载的四至不清楚；二是双方的权属凭证均包含有争议地，但凭证之间对争议地记载的四至存在重叠、交叉或者包含等情形。如果一方当事人认为另一方持有的林权证侵犯其林木林地权属，但又不属于前述两种特殊情形时，则其更为合理有效的救济途径应当是请求撤销对方林权证中侵犯其权利的部分，而非提出林木林地权属争议申请来寻求救济。
在处理林权争议案件过程中，生效林权证是处理林权证争议的主要依据，只有当林权证存在重大且明显违法的情况下，权属争议处理机构才可以不采信该林权证，并根据其他有效证据对权属争议进行处理。登记发证行为本身就是基于政府公信力作出的行政行为，该行政行为一旦作出非因法定原因不能随意更改。若登记发证行为有误，也应依程序由行政机关依法纠错或由当事人通过申请复议、提起诉讼等方式寻求救济，不宜在权属争议处理引起的诉讼中直接否定该行为的效力。在登记发证的基本事实能够确认的情况下，如果仅是程序上的瑕疵或者不完备，则不能简单地否认登记发证的效力。
