一个协议，到底属于行政协议，还是属于民事合同，有时的确较难判断。但通说认为，协议的属性应由协议本身客观判断，协议当事人的主观意思并不能作为判断标准。认定行政协议的客观标准应当包括以下三个方面：第一，协议的一方当事人是行政机关；第二，协议的内容涉及行政法上的权利义务；第三，协议的目的是为实现公共利益或者行政管理目标。

民事合同原则上仅具有相对效力，其权利义务关系仅可约束合同双方当事人。行政协议既采民事合同之形式，合同相对性原则亦应遵循。但行政协议之所以属于“行政”，自有其不同于民事合同之处。当行政协议属于补充或者替代诸如征收拆迁这样的单方高权行为，当行政协议具有针对诸如竞争者、邻人等第三方的效力，则不应简单地以合同相对性原则排除合法权益受到行政协议影响的第三方寻求法律救济。

行政协议的功能是为了丰富行政机关的行政手段，增进行政相对方的合作与信任，扩大解决问题的弹性余地，如果法律、法规没有作相反规定，行政机关原则上有权以协议方式活动，但却不能通过协议方式扩大法定的活动空间，使之成为规避依法行政的特殊领地，更不能借此减损行政管理相对人的合法权益与救济权利。

要求行政机关履行职责应当有请求权基础，也就是行政机关具备当事人所申请履行的特定职责。这个请求权基础，有可能来自一个行政协议的约定，但更多情况下来自法律、法规、规章的规定。仅仅基于合同相对性原则就否定行政机关的法定职责，属于认定事实的主要证据不足。